El sistema de juego del Campeonato Nacional 2025 incluirá 40 fechas disputadas en 11 meses.
En temporadas anteriores el campeonato se ha disputado en 30 fechas, con dos fases de todos contra todos y una final de ida y vuelta entre los equipos ganadores de cada fase.
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En la primera fase, los 16 clubes de la Serie A disputan 30 jornadas. Entre las dos rondas, el ganador de esta primera fase clasificará directamente a la Copa Libertadores 2026.
Los equipos que logren ubicarse entre los seis primeros lugares de la primera fase jugarán el Hexagonal 1, el ganador luego de un round-robin en 10 fechas se coronará campeón de la Pro League 2025.
Además, se adjudicarán dos plazas adicionales para la Copa Libertadores y tres para la Copa Sudamericana.
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Sin embargo, los clubes que finalicen entre el séptimo y el duodécimo puesto en la primera fase competirán en el Hexágono 2, clasificándose el ganador tras un round-robin a 10 vueltas a la Copa Sudamericana.
Y los equipos que terminen entre los puestos 13 y 16 en la primera fase deberán hacer un jonrón para evitar el descenso. Los equipos que finalicen en los dos últimos casilleros descienden a la Serie B del fútbol ecuatoriano (D).